Ecologische waarden

Steeds vaker wordt bij het opknappen, restaureren en reconstrueren van poelen niet gewerkt aan een afzonderlijke poel, maar ligt een poelenplan ten grondslag aan de werkzaamheden.
Een onderdeel van zo'n plan is vaak de verbindende functie die poelen hebben. Ze zijn stepping stones tussen het ene water en het andere, of ze vormen zelfs samen een 'route' voor allerlei dieren en planten. Het eerste poelenplan in Nederland was dat van het Mergelland, in Zuid-Limburg.
De ecologische waarde van kleine wateren zoals dobben en poelen is erg groot. Ze vergemakkelijken de verplaatsing van plant- en diersoorten van de ene (grotere) biotoop naar de andere. Hun grote natuurwaarde danken ze daarnaast aan hun geïsoleerde ligging: daardoor bevatten ze vaak relatief schoon water, met soms ook nog andere waardevolle eigenschappen. Ze kunnen bijvoorbeeld kwelwater bevatten, dat gewoonlijk mineraalhoudend is. Vennen en poelen zijn landschapselementén waarbij het van belang kan zijn dat er sprake is van een isolement. Maar de stepping stone functie geeft aan dat ook relatief geïsoleerde elementen een verbindende functie kunnen hebben.
Het storten van afval bedreigt ook de natuurwaarde van het water, doordat het vervuiling veroorzaakt. Hetzelfde gebeurt wanneer mest in het water terecht komt, inspoelende meststoffen of mest van dieren die gebruik maken van het landschapselementen, zoals vee of vogels. Betreding door vee kan daarnaast leiden tot vertrapping van de oever, al kan dat ecologisch ook interessant zijn. Op vertrapte plaatsen groeien namelijk bijzondere plantensoorten. Nadelig voor de natuurwaarde is het tot stand komen van een verbinding met ander en meer voedselrijk of vervuild water en te intensief recreatief gebruik. Deze factoren kunnen tot een dramatische achteruitgang van de natuurwaarden van het water leiden. De natuurwaarden lopen bovendien gevaar door het uitzetten van exotische dieren (en planten).
Bijzonder waardevol zijn allerlei poelen en andere kleine wateren, zoals verzonken drinkbakken. In Zuid-Limburg leven amfibieën die verder nergens in Nederland voorkomen, zoals vroedmeesterpad en geelbuikpad.